Genel Müdürlüğümüze ait 12 adet Bölge Müdürlüğü bulunmaktadır. Bölge Müdürlükleri proje çalışmalarına destek vermek, arazi çalışmalarını izleyip, gerekli önlemleri almak, çalışmalarla ilgili lojistik hizmetleri yürütmek, görüş ve değerlendirmelerini Genel Müdürlüğe iletmekle görevlidirler. Bölge Müdürlükleri'nin yönetimi; 1 Bölge Müdürü, 2 Bölge Müdür Yardımcısı, Araştırma Planlama Koordinasyon, Jeoloji Etütleri, Sondaj ve Hafriyat ile Makine İkmal olmak üzere 4 Başmühendislik ile Personel, İdari İşler, Muhasebe ve Satın Alma Servis Şefliklerinden oluşmaktadır. Bölge Müdürlüklerinin çalışma alanları aşağıdaki haritada verilmiştir.