Başta deprem olmak üzere doğal afetlerin araştırılması konusunda Türkiye'de mevcut kamu kuruluşları içinde bugün için bilgi birikimi en üst düzeyde olan kuruluş MTA Genel Müdürlüğü olduğu dikkate alınarak, MTA Marmara (KOCAELİ) Bölge Müdürlüğü; 17 Ağustos 1999 Kocaeli Depremi ile 12 Kasım 1999 Düzce Depremi'nin yörede oluşturduğu yüksek can kaybı ve ağır hasar dikkate alınarak kurulmuştur.
Bakanlar Kurulu; 14.01.2000 Tarih ve 2000 / 8 Sayılı Kararname ile MTA Genel Müdürlüğü'ne bağlı ve Bölge Merkezi Kocaeli İli olmak üzere Marmara Bölge Müdürlüğü adı altında bir Bölge Müdürlüğü kurulmasına karar vermiştir.